默認題主說的是建筑企業總包與分包的增值稅問題。
建筑業增值稅比較復雜，一般涉及總包、分包，計稅方法有一般計稅和簡易計稅，而且還有異地預繳等。營改增之后，分包款的扣除政策規定模糊，各地執行口徑也有差異。
今年9月總局發布公告，即《國家稅務總局關于國內旅客運輸服務進項稅抵扣等增值稅征管問題的公告》(國家稅務總局公告2019年第31號)，其中第七條規定，“納稅人提供建筑服務，按照規定允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除的分包款，是指支付給分包方的全部價款和價外費用。”該規定自2019年10月1日起施行。
31號公告，明確了總包方支付的分包款是打包支出的概念，即其中既包括貨物價款，也包括建筑服務價款，31號公告對于分包款的扣除，終于有了政策依據，因此總包方與分包的計稅依據也比較明朗了。
那么建筑企業總包方與分包方如何繳納增值稅？
總包方
⑴簡易計稅條件下：
舉栗：騰飛建筑公司是一般納稅人，2019年11月在異地承攬了一項工程，合同總造價1000萬元，可以簡易計稅。2019年11月騰飛建筑公司收到含稅工程款200萬，支付分包款50萬，分包方給騰飛建筑公司開具增值稅專用發票，注明金額45.87萬元，稅額4.13萬元
解析：如果騰飛公司選擇簡易計稅
①異地預繳
＝〔（200-50）÷1.03〕×3%＝4.37萬元
②回機構所在地申報
應繳增值稅＝〔（200-50）÷1.03〕×3%＝4.37萬元
應補（退）稅款＝4.37-4637＝0
⑵一般計稅條件下
如果騰飛建筑公司選擇一般計稅
①異地預繳＝（200-50）÷1.09×2%＝2.75萬元
②回機構所在地申報
銷項＝200÷1.09×9%＝16.51萬元
進項＝4.13萬元
應繳增值稅＝16.51-4.13＝12.38萬元
應補（退）＝12.38-2.75＝9.63萬元
⑶分包方如果涉及貨物
上述簡易計稅和一般計稅，分包方開具的增值稅專用發票全額是建筑服務發票，如果分包方涉及貨物，可以將分包款開具成：
貨物＋建筑服務，總包方同樣可以扣除。
舉栗：騰飛建筑公司為一般納稅人，就某項目簽訂施工總承包合同，假定項目不符合簡易計稅，合同約定工程總價1000萬元，增值稅90萬元，價稅合計1090萬元
騰飛公司作為總包方，將其中的門窗工程分包給a公司，假定a公司適用兼營行為征稅條件，分包合同約定工程總價款700萬元，增值稅81萬元，價稅合計781萬元。其中：貨物款600萬元，增值稅78萬元，安裝費100萬元，增值稅3萬元，騰飛建筑公司收到工程款并支付分包款。
①異地預繳=〔（1090-781）÷1.09〕×2%=5.67萬元
②回機構所在地申報
銷項＝1000×9%＝90萬元
進項＝78+3＝81萬
應繳增值稅＝90-81＝9萬元
應補退＝9-5.67＝3.33萬元
對于總包方簡易計稅，分包方開票不受影響。
注意：總包方扣除，以分包方開具符合規定發票為前提。
分包方
分包方以收到的工程款確認收入
⑴簡易計稅
應繳增值稅＝（收到的工程款價稅合計÷1.03）×3%
⑵一般計稅
應繳增值稅＝（收到的工程款價稅合計÷1.09）×9%－施工購進貨物的進項稅額
注意事項：
①發包方提供甲供材料：如果簽訂合同總金額，發包方提供材料部分從工程款中直接扣除，分包方以實際收到的工程款確認收入。
舉栗：騰飛建筑公司與B建筑公司簽訂甲供材料的建筑施工合同，工程總價1500萬元，預計使用甲供材料700萬元（假定適用增值稅稅率都為13%），合同約定，甲方支付工程款時扣除甲供材料款700萬元，實際支付工程款800萬元。
B建筑公司，做為分包方，以收到的工程款800萬確認收入。
②分包方一般計稅，兼營貨物和建筑服務：
按照合同簽訂的貨物和建筑服務金額分別確認銷售收入，分別計算銷項稅額。
比如：分包工程款價稅合計600萬，其中：自產門窗400萬（含稅），安裝服務200萬（含稅）
分包方應繳增值稅＝〔（400÷1.13）×13%+（200÷1.09）×9%〕－當期進項稅款－留抵稅款
分包方如果涉及異地預繳，而且沒有再分包：
一般納稅人預繳：（收到的分包工程預收款及價外費用÷1.09）×2%預繳
小規模和簡易計稅：（收到的分包工程預收款及價外費用÷1.03）×3%，月收入達不到10萬不需要預繳。
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