1、根據現行商事登記制度，分公司向工商部門領取了加載法人和其他組織統一社會信用代碼的營業執照后，無需再次進行稅務登記，不再領取稅務登記證。
也就是說，分公司設立以后，即有單獨的納稅人識別號，除企業所得稅有特殊規定外，其他所有稅種，它都是獨立的納稅人（扣繳義務人）。
2、分公司在稅收政策中的官方稱呼叫做「分支機構」，既然是機構，它就有機構所在地，機構所在地的稅務機關就是它的主管稅務機關。
如北京的公司在外省市設立分公司，那么該分公司的主管稅務機關，就是它工商注冊地址對應的國、地稅機關。
3、分公司屬于增值稅政策中的「固定業戶」，因此，它應當向分公司的機構所在地主管國稅機關申報繳納增值稅。
相應的，分公司的城建稅稅率就應以工商注冊地址的稅率為準，與總公司所在地有可能不一樣。
4、納稅人資格方面，分公司既有可能是小規模納稅人，也可以申請登記為一般納稅人。
現行政策沒有要求總分公司的納稅人資格一定一致，因此，總公司和分公司可以一個是小規模，一個是一般納稅人，具體取決于政策規定和納稅人的選擇。
5、納稅信用等級方面，根據總局公告2015年第85號的規定，《納稅信用管理辦法（試行）》（總局公告2014年40號印發）的適用范圍為：已辦理稅務登記（含“三證合一、一照一碼”、臨時登記），從事生產、經營并適用查賬征收的獨立核算企業、個人獨資企業和個人合伙企業。
因此，符合上述條件的分公司也有自己的納稅信用等級，與總公司的不是一碼事。
6、發票管理方面，分公司可以向其主管稅務機關領取發票，并按照現行規定開具。取得的發票，抬頭和稅號應當與其營業執照相一致，根據總局公告2017年16號的規定，分公司取得的增值稅普通發票，也必須正確填寫稅號。
7、分公司為一般納稅人的，符合條件的進項稅額可以抵扣，總分公司的進項稅額不能混抵，實際上雙方的勾選和申報系統是相互獨立的，想混抵也沒有辦法做到。
8、總分公司之間發生業務往來，屬于增值稅征收范圍的，無論會計和所得稅上如何處理，增值稅均需要獨立繳納，并開具發票。
仍以總分公司如何進行會計核算？中的例子為例，A分公司2017年度實現利潤80萬元，根據總公司規定，上交管理費50萬元，這筆業務應當由總公司向A分公司開具增值稅發票，按照現代服務中的「企業管理服務」稅目繳納增值稅。
在總分公司均為一般納稅人的情況下，一方繳納的增值稅可以在另一方抵扣，因此，不會影響公司整體的增值稅稅負。
具體到上例，如果這筆款項本質上屬于分公司上繳總公司的利潤，且在總分公司簽訂的協議中明確標明屬于上交經營利潤，筆者認為，這筆業務就不屬于增值稅的征收范圍，無需開具發票。
9、所有的地稅業務，包括個人所得稅、房產稅、土地使用稅、土地增值稅、環保稅、印花稅等，均應在分公司機構所在地獨立繳納。
10、稅收優惠方面
（1）小微企業免征增值稅優惠：總分公司分別確定，分別享受。
（2）小型微利企業減半征收企業所得稅：總分公司合并確定。
（3）總分公司機構所在地一個在西部大開發稅收優惠地區，一個在區外的，區內適用15%的稅率，區外適用25%的稅率。（詳見總局公告2012年12號）
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